El organismo, que tiene radicación y funcionamiento instalados en los campus y complejos que la UNICEN tiene en Olavarría, Azul, Tandil, y Quequén, fue creado por Decreto Ley N° 1291 del 5 de febrero de 1958, ante la necesidad de estructurar un organismo académico que promoviera la investigación científica y tecnológica en el país.

El primer presidente del CONICET fue Bernardo A. Houssay -Premio Nobel de Medicina en 1947-, quien le infundió a la institución una visión estratégica expresada en claros conceptos organizativos que mantuvo a lo largo de más de una década de conducción.

Su misión es la promoción y ejecución de actividades científicas y tecnológicas en todo el territorio nacional y en las distintas áreas del conocimiento: Ciencias Agrarias, de Ingeniería y de Materiales; Ciencias Biológicas y de la Salud; Ciencias Exactas y Naturales; Ciencias Sociales y Humanidades.

Según datos oficiales se desempeñan en el organismo más de 11.800 investigadores e investigadoras, más de 11.600 becarios y becarias de doctorado y postdoctorado, más de 2.900 técnicos, técnicas y profesionales de apoyo a la investigación y aproximadamente 1.400 administrativos y administrativas.

Se encuentran a lo largo del país -desde la Antártida hasta la Puna y desde la Cordillera de los Andes hasta el Mar Argentino- en sus 16 Centros Científicos Tecnológicos (CCT), 10 Centros de Investigaciones y Transferencia (CIT), un Centro de Investigación Multidisciplinario y más de 300 Institutos y Centros exclusivos del CONICET y de doble y triple dependencia con universidades nacionales y otras instituciones.